The Theory of Everything è stato pubblicato dopo più di sei anni dall'album precedente. Lucassen aveva infatti accantonato gli Ayreon per dedicarsi ad altri progetti, tra cui un album da solista.
L'Equazione d'OndaThe Theory of Everything, lista canzoni
Il titolo dell'album, tra il serio e il faceto, rimanda alle grandi sintesi delle leggi universali offerte dalla fisica teorica dell'ultimo secolo. Con "teoria del tutto" si indica un ipotetico modello, la cui esistenza è ancora fonte di dibattiti, in grado di riunire i risultati della relatività generale con la fisica dei quanti. Non a caso il titolo è scritto usando i simboli di alcune delle più complesse equazioni fisiche, in particolare l'Equazione d'Onda di Schrödinger, riportata sopra
Il termine "Teoria del Tutto" venne utilizzato per la prima volta, in chiave ironica, in un fumetto di fantascienza degli Anni Sessanta. Altri rimandi fantascientifici nell'album riguardano il numero di segmenti incisi che sono esattamente 42, cioè "la risposta alla domanda fondamentale sulla vita, l'universo e tutto quanto" nella serie "Guida Galattica per Autostoppisti".
L'album è diviso in due CD. Il primo contiene le tracce fino a "The Prediction", il secondo comincia con "Fluctuations". I due CD sono ulteriormente divisi in quattro "Fasi":
CD 1, traccce 1-11: Phase I: Singularity (singolarità)
CD 1, tracce 12-22: Phase II: Symmetry (simmetria)
CD 2, tracce 1-9: Phase III: Entanglement (intrico)
CD 2, tracce 10-20: Phase IV: Unification (unificazione)
Janne 'JB' Christoffersson: